重庆市中国特色社会主义理论体系研究中心前身是重庆市“三个代表”重要思想研究中心,成立于2001年8月,2007年8月更为现名。
2015年9月30日,中宣部印发《关于进一步加强中国特色社会主义理论体系研究中心建设的意见》(中宣发〔2015〕27号),重庆市中国特色社会主义理论体系研究中心进入“全国中国特色社会主义理论体系研究中心”行列,成为西南地区唯一的国家级中特中心。中心主任由市委常委、宣传部部长担任。中心挂牌于重庆社科院并设立秘书处负责日常工作。重庆市中国特色社会主义理论体系研究中心现有20个分中心:中共重庆市委党校分中心、中共重庆市委党史研究室分中心、重庆日报报业集团分中心、重庆大学分中心、西南大学分中心、西南政法大学分中心、重庆医科大学分中心、重庆师范大学分中心、重庆邮电大学分中心、重庆交通大学分中心、重庆工商大学分中心、四川外国语大学分中心、四川美术学院分中心、重庆理工大学分中心、重庆三峡学院分中心、重庆文理学院分中心、长江师范学院分中心、重庆科技学院分中心、重庆第二师范学院分中心、重庆市教育科学研究院分中心。